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        hMeDIP-seq(羟甲基化测序)

        hMeDIP-seq介绍

        5hmC,作为5-甲基胞嘧啶(5mC)的氧化产物,是DNA甲基化修饰动态调控过程重要的中间产物。5hmC主要富集在基因的转录起始位点,转录终止位点和基因远端区域的上游和下游。已有研究报道5hmC与癌症、神经退行性疾病等有关。2017年,《Cell Research》上连续发表了两篇使用芝加哥大学何川教授设计并优化的5hmC富集测序技术,验证5hmC在肿瘤临床应用的文章。


        伯豪特色

        1. 特异性检测羟甲基化: 5-hmC抗体能够区分甲基化和羟甲基化信号,特异性的检测羟甲基化区域。

        2.  灵活度高:能够直接对任意物种的高羟甲基化片段进行测序,无需已知的基因组序列信息。

        3. 检测范围广:覆盖整个基因组范围的羟甲基化区域。

        4. 精确度高:能够在实际结合位点50个碱基范围内精确定位。

        5. 数字化信号:直接对羟甲基化片段进行测序和定量,不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。

         

        实验流程

        第一步:5hmC信号捕获,通过化学标记捕获技术可特异性富集全基因组近2万个含有5hmC修饰的基因片段。

        第二步:二代测序,对富集到的基因片段进行二代测序,获得全基因组5hmC的分布和含量。

        第三步:生成数据与发送报告。

         

        样本要求

        样品类型:gDNA,组织,细胞(物种不限)

        样品纯度:OD 260/280值应在1.8~2.0 之间;RNA 应去除干净;

        样品浓度:使用Qubit准确定量DNA浓度

        样品总量:每个样品DNA起始总量不少于1ug。

        参考文献

         

        研究者先用免疫组化的方法证明黑色素瘤组织相比正常痣,其羟甲基化程度降低,结合临床数据证明DNA羟甲基化水平可以作为黑色素瘤的预后标志物。然后对70例病人的DNA羟甲基水平采用hMeDIP-seq的方法进行检测,在全基因组范围内研究黑色素瘤羟甲基化变化的分布位点。最后建立动物模型实验找到了黑色素瘤中整体羟甲基化水平降低的根本原因。

        研究线路

         

         

         

        结果展示

         

        图1黑色素瘤细胞中关键基因羟甲基化水平发生变化

         

         

        图2 黑色素瘤细胞中关键基因发生羟甲基化水平变化

        参考文献

        Lian C G, Xu Y, Ceol C, et al. Loss of 5-hydroxymethylcytosine is an epigenetic hallmark of melanoma[J]. Cell, 2012, 150(6): 1135-1146.


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