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        空间转录组 |10x spaceranger aggr 合并多个样本

        2020-09-16点击8次
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        10x 空间转录组数据跑完 Space Ranger 之后都会生成单个样本的 cloupe.cloupe 文件,这个文件可以用 Loupe Browser 来对单个样本进行可视化,Loupe Browser 操作简单、结果直观,非常适合不太会写代码的老师或同学来自己挖掘数据。但是,做过单细胞或空间转录组项目的同学应该都知道,实际上做数据分析的时候是需要多个样本合并起来分析的,如果再用单个样本进行可视化就不太合适了,所以我们需要把多个样本的 cloupe.cloupe 整合成一个合并的 cloupe 文件,这样就方便自己用 Loupe Browser 来有效的挖掘有价值的信息。

        这里我们来介绍一下,怎么用 10x spaceranger aggr 来合并多个空间转录组测序的样本数据。


        第一步 

        确保单个样本的 spaceranger count 已经跑完了,假如我们前面运行 spaceranger count 时生成了三个文件:

        1  $ spaceranger count --id=LV123 ……                    

        2  wait for pipeline to finish ……

        3  $ spaceranger count --id=LB456 ……

        4   wait for pipeline to finish ……

        5  $ spaceranger count --id=LP789 …… 

        6  wait for pipeline to finish ……


        第二步

        准备样本信息的 csv 文件,内容格式如下(注意逗号分隔)。

        1

        列信息说明:

        library_id:   样本 id;

        molecule_h5:   运行 spaceranger count 生成的 molecule_info.h5 文件路径;

        cloupe_file:  运行 spacerangercount 生成的 cloupe.cloupe 文件路径;

        spatial_folder: 运行 spaceranger count 生成的 spatial 文件夹路径。

        除了上面指定的 4 列之外,也可以加入其它分类信息的列,最后会在 Loupe Browser 可视化的时候当成一个分组方式来展示。比如下面,增加一列样本分组信息,不过注意这里因为宽度的原因把 spatial_folder 列省略掉了,实际上 spatial_folder 这一列还是有的。

        2

        另外需要注意,spaceranger aggr 是不进行批次校准的,所以不同的染色方法的组织是不能合并到一起的(例如免疫荧光和 H & E 染色的组织切片)。


        第三步

        运行 spaceranger aggr:

        1   $ spaceranger aggr --id=AGG123 \                  

        2                                   -- csv=AGG123_libraries.csv \     

        3                                   -- normalize=mapped


        参数说明:

        --id: 输出文件的 id

        --csv: 样本信息 csv 文件

        --normalize:depth 归一化的方法,默认是 mapped,也可以选 none。


        结果输出:

        成功运行后会到的下面的信息(包括主要的输出文件)

        1   2018-10-04 13:36:33[runtime] (run:local)

             ID.AGG123.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR_CS.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR.SUMMARIZE_AGGREGATED_REPORTS.fork0.join

        2   2018-10-04 13:36:36 [runtime] (join_complete)

             ID.AGG123.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR_CS.SPATIAL_RNA_AGGREGATOR.SUMMARIZE_AGGREGATED_REPORTS

        3   2018-10-04 13:36:45 [runtime] VDR killed 210files, 29MB.

        5   Outputs:

        6   - Aggregation metrics summary HTML:                                    /home/jdoe/runs/AGG123/outs/web_summary.html

        7   - Aggregation metrics summary JSON:                                    /home/jdoe/runs/AGG123/outs/summary.json

        8   - Secondary analysis output CSV:                                             /home/jdoe/runs/AGG123/outs/analysis

        9   - Filtered feature-barcode matrices MEX:                                  /home/jdoe/runs/AGG123/outs/filtered_feature_bc_matrix

        10 - Filtered feature-barcode matrices HDF5:                                /home/jdoe/runs/AGG123/outs/filtered_feature_bc_matrix.h5

        11  - Unfiltered feature-barcode matrices MEX:                              /home/jdoe/runs/AGG123/outs/raw_feature_bc_matrix

        12  - Unfiltered feature-barcode matrices HDF5:                            /home/jdoe/runs/AGG123/outs/raw_feature_bc_matrix.h5

        13  - Copy of the input aggregation CSV:                                        /home/jdoe/runs/AGG123/outs/aggregation.csv

        14  - Loupe Browser file:                                                                  /home/jdoe/runs/AGG123/outs/cloupe.cloupe

        15  - Aggregated tissue positions list:                                              /home/jdoe/runs/AGG123/outs/aggr_tissue_positions_list.csv

        16  - Spatial folder containing spatial images and scalefactors:      /home/jdoe/runs/AGG123/outs/spatial 

        17

        18   Pipestance completed successfully!


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