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        胃肠道肿瘤│各种类型样本 RNA m6A 修饰研究攻略

        2020-09-16点击8次
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        胃肠道肿瘤是最常见和最主要的恶性肿瘤,包括胃癌、结肠和直肠癌等。胃癌发病有明显的地域性差别,在我国的西北与东部沿海地区胃癌发病率比南方地区明显为高。好发年龄在 50 岁以上,男女发病率之比为 2:1。大肠癌是常见的恶性肿瘤,包括结肠癌和直肠癌,近年有向近端(右半结肠)发展的趋势。其发病与生活方式、遗传、大肠腺瘤等关系密切。


        文章展示

        文章一

        RNA 甲基化测序 m6a 甲基化测序 伯豪生物甲基化服务客户发文

        癌症类型:结直肠癌 

        样本类型:细胞

        时间:2019.10.16

        杂志:Mol Cancer. 15.302

        摘要:YAP 的激活对包括结直肠癌在内的癌症发展至关重要。然而,lncRNAs 的 m6A 修饰是否能在癌症进展中调节 YAP 的激活尚不清楚。作者通过 RIP 测序,RNA FISH 和免疫荧光共染色法筛选 YAP 相互作用的 lncRNA,研究了 YAP 和 lncRNA GAS5 之间的相互作用。MeRIP-seq 与 lncRNA-seq 用于鉴定 CRC 中 YTHDF3 识别的带有 m6A 修饰的靶基因。进行功能获得和功能丧失以分析 GAS5-YAP-YTHDF3 轴在体外和体内 CRC 进展中的功能。GAS5 与 YAP 的 WW 结构域直接相互作用,促进内源性 YAP 从细胞核转移到细胞质,并促进 YAP 的磷酸化和随后泛素介导的降解,从而在体外和体内抑制 CRC 进程。值得注意的是,证明了 m6A reader YTHDF3 不仅是 YAP 通路的新靶点,而且是 YAP 信号转导的关键参与者,lncRNA GAS5 的 m6A 修饰通过 YTHDF3 识别促进了其降解,这为 CRC 进展提供了新的见解。在临床上,CRC 患者的肿瘤中 lncRNA GAS5 表达与 YAP 和 YTHDF3 蛋白水平呈负相关。本研究揭示了 lncRNA GAS5-YAP-YTHDF3 轴的负功能环,并确定了在 CRC 进展过程中 GAS5 的 m6A 修饰诱导了 YAP 信号衰减的新机制,这可能为 CRC 治疗提供了有希望的方法。

        doi: 10.1186/s12943-019-1079-y.


        文章二 

        m6a 甲基化测序 伯豪生物甲基化服务客户发文

        癌症类型:胃癌 

        样本类型:外周血  

        时间:2020.2.1

        杂志:Clin Chem. 7.292

        摘要:本研究旨在评估 m6A 水平作为胃癌(GC)诊断的生物标志物。作者收集 100 例胃癌患者、30 例良性胃病(BGD) 患者和 75 例健康对照者的外周血。通过检测 total RNA 中 m6A 水平和 m6A 相关蛋白的表达水平。与 BGD、HC 组相比,GC 组外周血中 total RNA 的 m6A 水平明显升高。与 HC 组相比,GC 组中 m6A 去甲基酶 ALKBH5 和 FTO 的表达明显下调。GC 细胞共培养增加了早幼粒细胞(HL-60)、单核细胞(THP-1) 白血病细胞和非致瘤性人外周血 B 淋巴细胞(penge - ebv) 中 RNA m6A 修饰水平。此外,异种移植模型小鼠的外周血中 total RNA 的 m6A 水平升高。在体内和体外,ALKBH5 和 FTO 的表达均降低。外周血 RNA 中 m6A 水平是一种很有前途的胃癌患者非侵入性诊断生物标志物。

        doi: 10.1093/clinchem/hvz004.


        文章三 

        RNA m6a 甲基化测序 伯豪生物甲基化服务客户发文 1

        癌症类型:胃肠道肿瘤 

        样本类型:组织

        时间:2020.7.25

        杂志:Theranostics. 8.579

        摘要:目前尚不清楚 m6A 在胃肠道(GI)癌症中的潜在修饰机制。在这里,我们对 GI 癌症中的 9 种已知的 m6A 相关酶进行了全面的分析。使用了来自 TCGA 和 GEO 的数据,并进行通路富集分析。在 STRING 在线平台上分析了 m 6 A 相关酶的蛋白质网络及其相关途径成员。在 MEGA7 中构建了系统发育树。m6A 修饰位点由 SRAMP 预测。通过 m6A SNP 分析了 m6A 相关的 SNP 位点。m6A 相关途径成员的调控方式已通过 m6A-seq,qPCR 和 MAPK 磷酸化芯片进行了验证。作者发现胃肠癌中的大多数 m6A 相关调节因子均被上调,它们的差异表达显着影响了胃肠癌患者的总体生存。发现磷脂酰肌醇 -3- 激酶(PI3K)/ Akt 和哺乳动物雷帕霉素靶标(mTOR)信号通路在包括胃肠道癌在内的大多数人类癌症中可能受到 m6A 修饰的影响,m6A-seq 和 MAPK 磷酸化芯片证实了这一点。研究表明,m6A RNA 修饰在调节 PI3K / Akt 和 mTOR 信号通路功能中具有重要作用。

        doi: 10.7150/thno.42971.  eCollection 2020.


        文章四 

        m6a 甲基化测序 伯豪生物甲基化服务

        癌症类型:胃癌

        样本类型:组织

        时间:2019.10.13

        杂志:Mol Cancer. 15.302

        摘要:目前,m6A 的异常调节在肿瘤上皮 - 间充质转化(EMT) 和转移中的作用尚不清楚。采用 qRT-PCR 和免疫组织化学方法评价 METTL3 在胃癌(GC)中的表达。通过体外和体内实验研究了 METTL3 对胃癌转移的影响。METTL3 的作用机制通过 MeRIP-seq、MeRIP qRT-PCR、共焦 immunofluorescent 分析、荧光素酶分析、免疫共沉淀、RNA 免疫沉淀反应和染色质免疫沉淀反应进行了探讨。METTL3 在胃癌样本中上调。临床上,METTL3 水平升高是预后不良的预测因素。在功能上,发现 METTL3 在体外的 EMT 过程和体内的转移过程中都是必需的。在机制上,首次揭示了 GC 细胞中 METTL3 介导的 m6A 修饰谱,并确定锌指 mym 型含 1 (ZMYM1) 是 METTL3 真正的 m6A 靶点。METTL3 对 ZMYM1 mRNA 进行 m6A 修饰,依赖于“reader”蛋白 HuR(也称 ELAVL1) 依赖途径,增强了其稳定性。此外,ZMYM1 通过招募 CtBP/LSD1/CoREST 复合物结合并介导对 E -cadherin 启动子的抑制,从而促进 EMT 程序和转移。总的来说,研究结果表明了 m6A 修饰在胃癌中的重要作用,并发现 METTL3/ZMYM1/E-cadherin 信号通路在胃癌抗转移策略中是一个潜在的治疗靶点。

        doi: 10.1186/s12943-019-1065-4.


        文章五 

        RNA m6a 甲基化测序 伯豪生物甲基化服务

        癌症类型:胰腺癌 

        样本类型:组织

        时间:2020.8.25

        杂志:Mol Cancer. 15.302

        摘要:胰腺癌是人类最致命的癌症之一。m6A 是一种常见的真核 mRNA 修饰,在生理和病理过程中都发挥着重要作用。然而,它在胰腺癌中的作用仍然不明确。作者通过 LC/MS 用于测定胰腺癌和正常组织中 m6A 的水平。利用生物信息学分析、qPCR、免疫组织化学和 western blotting 来确定 m6A 相关酶在胰腺癌中的作用。利用 MeRIP-Seq 和 RNA-Seq 评估 METTL14 的下游靶点。作者发现 m6A 水平在 70% 的胰腺癌样本中升高。此外,作者证明 METTL14 是调节 m6A 甲基化的主要酶。METTL14 过表达可通过直接靶向下游 PERP mRNA,并以 m6A 依赖的方式在体内外显著促进胰腺癌细胞的增殖和迁移。m6A 修饰导致胰腺癌细胞内的 PERP mRNA 周转增加,从而降低了 PERP (mRNA 和蛋白)水平。研究数据提示 METTL14 的上调通过 m6A 修饰导致 PERP 水平下降,促进胰腺癌的生长和转移,因此,METTL14 是其潜在的治疗靶点。

        doi: 10.1186/s12943-020-01249-8.


        文章六 

        m6a 甲基化测序 RNA 甲基化服务 伯豪生物客户发文

        癌症类型:结直肠癌 

        样本类型:组织 & 细胞

        时间:2020.2.1

        杂志:Mol Cancer. 15.302

        摘要:目前我们对结直肠癌(CRC) 中 m6A 的了解非常有限。作者设计了这项研究来研究 m6A 在 CRC 中的作用。从公共数据库和组织阵列中提取 METTL14 的表达水平,研究 METTL14 在 CRC 中的临床相关性。接下来,我们通过过表达 / 基因敲除实验来定义 METTL14 在 CRC 进展中的作用。同时应用转录组测序(RNA-seq) 筛选 METTL14 的潜在靶点。通过 RNA pull-down 和 RIP-seq 实验验证了 METTL14 与推测靶点的特异性结合。此外,作者还进行了表型补救实验和 MeRIP-seq 来揭示其机制。临床上,METTL14 缺失与 CRC 患者预后不良相关。在功能上,下调 METTL14 可以显著增强 CRC 细胞的体外增殖和侵袭能力,在体内促进肿瘤的发生和转移。机制上,RNA-seq 和 Me-RIP 将 lncRNA XIST 识别为 METTL14 的下游靶点。METTL14 的敲除实质上消除了 m6A 水平的 XIST 和增强的 XIST 表达。发现 m6A 甲基化的 XIST 可以被 m6A reader 蛋白 YTHDF2 识别,从而介导 XIST 的降解。在 CRC 组织中,XIST 表达与 METTL14 和 YTHDF2 呈负相关。最后研究强调了 METTL14 在 CRC 中的功能和预后价值,并加深了对 RNA 表观遗传学在癌症生物学中的重要性的理解。

        doi: 10.1186/s12943-020-1146-4.


        ■ AUTUMN 

        伯豪生物可为客户提供 m6A-seq 研究的专业科研服务,不同类型样本的送样指南见下图,详情请咨询当地销售。

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