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        • 单细胞核测序 | 胰腺组织和肺组织中的应用

          2020-09-17点击10次
          前期软文我们整理了单细胞核测序(snRNA-seq)相对于单细胞测序(scRNA-seq)的一些优势,包括细胞类型多样性,酶解偏好性,样本类型(冰冻或者新鲜样本),酶解产生的应激性等方面。涉及的组织主要集中在脑,肾脏和心脏。其实,snRNA测序还有其他的优势,比如可以更好的研究基质内嵌的间充质细胞;减少线粒体相关基因,管家基因的检测;以及可以识别更多的lncRNAs。
        • 空间转录组 |10x spaceranger aggr 合并多个样本

          2020-09-16点击7次
          10x空间转录组数据跑完Space Ranger之后都会生成单个样本的cloupe.cloupe文件,这个文件可以用Loupe Browser来对单个样本进行可视化,Loupe Browser操作简单、结果直观,非常适合不太会写代码的老师或同学来自己挖掘数据。
        • 胃肠道肿瘤│各种类型样本 RNA m6A 修饰研究攻略

          2020-09-16点击7次
          本期的主题是胃肠道肿瘤,为大家搜集了RNA m6A修饰的相关研究,样本类型有全血、细胞和组织。其中全血样本的研究主要为了寻找标志物,而细胞和组织通常会结合出现,以便进行深入的机制研究。
        • 文献锦集 | 8 月单细胞测序高分文献汇总

          2020-09-16点击8次
          八月份单细胞测序相关文献共收集到41篇(IF>9),文末列表中列出文献发表期刊、研究方向和技术平台等信息,接下来先看看其中5篇。
        • 单细胞测序的热点及案例解读

          2020-09-16点击10次
          单细胞测序的热点及案例解读
        • 文献集锦│8 月 DNA 甲基化研究新鲜速递

          2020-09-16点击6次
          转眼8月已经过去,小编在这里为大家精心上收集了以DNA甲基化研究为主题的最新研究成果,截止现在,8月以DNA methylation为关键词检索到的文献一共有536篇,小编在这里为大家精心挑选了以下6篇作为重点分享,包括帕金森、肠炎、妇科癌症和植物发育等DNA甲基化内容的研究等。
        • 空间转录组 | 最详细的 10x 空间转录组 summary 网页报告解读

          2020-09-16点击5次
          一般我们拿到10x空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是web_summary网页报告,因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好,不好的问题在哪里,数据到底能不能用等等。这里来详细介绍一下怎么看10x 空间转录组web_summary网页版报告。
        • 转录组学 | 在胃肠肿瘤研究中的应用

          2020-09-16点击3次
          转录组学是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律,从RNA水平研究基因表达的情况。借助转录组学来研究肿瘤的发病机制,寻找用于肿瘤诊断和防治的生物标志物一直是肿瘤研究热点,今天小编要和大家分享几例转录组学在胃肠肿瘤中的应用。
        • 空间转录组测序 | 5 分钟速学图像手动对齐!

          2020-09-16点击5次
          前面介绍 Space Ranger 的使用的时候有提到过,一种是自动对齐(只需要提供图片文件),另外一种是手动对齐(除了需要提供图片文件,还需要提供图像组织位置跟 spot 对应信息的 json 文件)。本文带你一分钟了解 10x空间转录组Visium 的 图像手动对齐 应该怎样做!
        • 机器学习建模结合免疫浸润分析探究胃癌患者预后及潜在治疗靶点

          2020-09-16点击4次
          具有完善基因表达数据和表型数据的大规模公共队列为开发肿瘤预后标志提供了可能。近年来,机器学习作为人工智能(AI)的分支,已经被成功用于建立肿瘤患者预后和治疗预测的模型。
        • 空间转录组 |Space Ranger 的使用

          2020-09-16点击4次
          10x Genomics在分析软件这一块还是非常给力的,开发的每个软件都非常好用而且操作简单,特别是安装方便,基本解压后就能用。对于10x的空间转录组数据主要用10x自己开发的Space Ranger来进行前期的处理。
        • DNA 甲基化专题 | 乳腺癌中的 DNA 甲基化标志物研究

          2020-09-16点击4次
          乳腺癌是发生在乳腺上皮组织的恶性肿瘤,它是威胁全球女性健康的严重的常见的恶性肿瘤之一,近年来的发病率与死亡率也逐渐升高。因此,寻找和发现有价值的乳腺癌生物标志物已经成为目前研究的一个重要方向。小编这次为大家分享两篇关于研究乳腺癌DNA甲基化标志物的文章(IF > 10),利用多组学数据分别从两个方向筛选甲基化标志物的研究。
        • 单细胞测序丨揭秘妇科肿瘤研究利器

          2020-09-16点击4次
          妇科肿瘤是一种多发病,由于其致病因素较复杂,癌变组织结构多样,受神经内分泌因素影响的不断变化,所在部位又极易受细菌或病毒感染,很早就受到人们重视。妇科生殖器肿瘤又以卵巢癌,子宫颈癌,子宫内膜癌较为常见,这三种肿瘤并称为妇科生殖系统三大恶性肿瘤。据有关数据统计,在我国每年约有1.5万名女性死于卵巢癌,发病率虽次于宫颈癌和子宫内膜癌,但死亡率却占妇科恶性肿瘤之首。
        • 干货分享丨详解单细胞核 RNA 测序(snRNA-seq)最新应用与进展

          2020-09-16点击4次
          单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识。但是,scRNA-seq对于器官或者固体组织制备的细胞悬液的细胞活性和细胞数目有着较高的要求,这也意味着 “躺在”超低温冰箱中的大量珍贵临床样本(脑组织,肿瘤组织等)都无法进行scRNA测序。而单细胞核RNA测序技术(snRNA-seq)的出现,则在很大程度上解决了以上问题。
        • 文献集锦│7 月 DNA 甲基化研究新鲜速递

          2020-09-16点击3次
          7月以DNA methylation为关键词检索到的文献一共有723篇,小编在这里为大家精心挑选了以下7篇作为重点分享,包括胚胎发育、癌症、疾病、甲基化标志物以及多组学联合分析的研究等。
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